AQUACULTURE BIOINFORMATIC

Nama : Haris Rahmawan

NIM  : 26010210120052

Prodi : BDP ‘10

Assalamualaikum,

Pada kesempatan kali ini saya akan memposting tentang bioinformatika dalam bidang budidaya perairan yang diberikan oleh pak Ristiawan Agung N, S. Pi. Untuk memenuhi tugas ujian akhir semester.

Perkembangan DNA Microarray Oligo untuk Bass Laut Eropa dan Aplikasi untuk Ekspresi Profil Bagian Deformitas

RINGKASAN :

Laut Eropa bass (Dicentrarchus labrax) merupakan ikan laut yang sangat penting untuk perikanan dan akuakultur. Genomik fungsional menawarkan kemungkinan untuk menemukan mekanisme molekuler yang mendasari produktif sifat dalam ikan ternak, dan langkah menuju penerapan metode seleksi penanda membantu dalam spesies ini. Untuk tujuan ini, penulis melaporkan pada pengembangan oligo DNA microarray untuk D. labrax.

Platform microarray dikembangkan untuk bass laut Eropa memiliki tingkat fleksibilitas yang tinggi, kehandalan, dan reproduktifitas. Meskipun keterbatasan terkenal dalam mencapai suatu penjelasan fungsional yang tepat dalam spesies non-model, informasi yang memadai diperoleh untuk mengidentifikasi proses-proses biologis yang secara signifikan diperkaya antara diferensial mengungkapkan gen. Wawasan baru yang diperoleh pada mekanisme yang diduga terlibat pada prognatisme mandibula, menunjukkan bahwa tulang / pengembangan sistem saraf mungkin memainkan peran dalam fenomena ini.

Microarray penilaian berkualitas.

Probe desain selesai untuk 19.035 DLPD entri. Probe urutan dan rincian lainnya pada microarray platform dapat ditemukan di database GEO dengan nomor aksesi GPL9663. Hibridisasi keberhasilan untuk setiap probe dievaluasi mempertimbangkan total dari 14 percobaan. Hibridisasi dianggap sukses ketika nilai bendera "glsFound" adalah sama dengan 1. Di seluruh eksperimen, hanya tiga probe (0,008%) tidak pernah menunjukkan sinyal yang lebih tinggi dari latar belakang, sementara 35.957, sesuai dengan 94,4% dari jumlah total probe target, berhasil hibridisasi setidaknya setengah dari percobaan array. Diperlakukan sebagai biologis bereplikasi dalam rangka untuk mengevaluasi pengulangan yang hasil array. Tingkat kesepakatan bersama antara ulangan dinilai memperkirakan korelasi Pearson koefisien (r) pada set nilai-nilai seluruh ekspresi.

Kesimpulan:

Perakitan dan penjelasan dari laut Eropa bass Transkriptome menyebabkan konstruksi dan validasi oligonukleotida spesifik spesies
microarray. Analisis microarray bass laut Transkriptome memberikan bukti awal untuk keberadaan RNA antisense putatif pada spesies ini. Platform genomik diterapkan untuk mendeteksi diferensial gen diekspresikan dalam rahang bawah rahang-cacat ikan, mengungkapkan bawah regulasi yang signifikan dari beberapa transkrip terlibat dalam pembentukan tulang dan fungsi saraf.

Sumber: http://www.springerlink.com/content/m2ju161162pt136t/

Bioinformatika dalam Perikanan

Hallo red,
kali ini aku pengen share tentang Bioinformatika tentang perikanan. Jurnal bisa dilihat DISINI.

Setelah membaca jurnal, saya dapat menyimpulkan bahwa rekayasa genetika memang banyak memberikan dampak bagi manusia dan lingkungan di bumi ini. Baik itu dampak positif maupun negatif. Rekayasa genetika sendiri memang pada awalnya bertujuan untuk memperbaiki kehidupan manusia di bumi. Namun, pada proses rekayasa genetika itu sendiri memang harus tetap harus diawasi dan diseleksi mana yang benar-benar aman bagi manusia dan makhluk hidup lainnya. Dan untuk menciptakan produk hasil rekayasa genetika yang benar-benar aman memang membutuhkan proses yang lama dan sulit. Semoga dengan semakin berkembangnya teknologi, produk rekayasa genetika yang benar-benar aman dapat tercipta.